La Junta de Compensación Parque de Valdebebas se constituyó el 14 de junio de 2005, y quedó inscrita en el registro de Entidades Urbanísticas Colaboradoras con fecha 16 de noviembre de 2015. Su objeto principal es la ejecución del planeamiento urbanístico, asumiendo la responsabilidad directa de las obras de urbanización y la equidistribución de las cargas y beneficios resultantes de la actuación. Una vez cumplidos sus objetivos, se procederá a su liquidación, finalizando su actividad. La Asamblea General y el Consejo Rector son los órganos de gobierno y administración de la Junta de Compensación.
Valdebebas marca un hito al ser el primer desarrollo urbanístico gestionado por un equipo creado ad hoc y con total independencia respecto a la propiedad de los terrenos.
La Asamblea General es el órgano supremo de administración constituido por la totalidad de los miembros de la Junta de Compensación, compuesto por propietarios de suelo e inmuebles dentro del ámbito, y es la que valora las propuestas del Consejo Rector para su aceptación, en su caso.
El Consejo Rector es el órgano ejecutivo y está compuesto por los propietarios que tienen las mayores cuotas de propiedad.
El Equipo de Gerencia es un grupo de trabajo multidisciplinar, integrado por profesionales especializados en diferentes áreas y cuyo objetivo es desarrollar la gestión íntegra del proyecto, propugnando la colaboración mutua entre el conjunto de propietarios y las Administraciones Públicas intervinientes.